第一，管理目標的異同。企業的管理目標考慮經濟目標與社會目標、有形目標與無形目標、近期目標與長遠目標的權衡，企業管理突出的是經濟目標，利潤率、市場占有率以及單位成本是管理的核心內容。顯然，公共部門的管理目標要復雜的多，有時候，社會目標、無形目標和長遠目標具有更重要意義。“政府的產出總是復雜的，經常是有爭議的。如果所要達到的目標是多重性的或不明確的，那么，很難說是否會有效完成或完全完成這些目標。而且，政府的項目往往會產生不同的影響，可能一些人所受的補益或損害會比另一些人多。”

與政府部門管理目標相對的是，企業目標更容易定量確定，也就容易進行績效評估，凈資產收益率，總資產報酬率、資產負債率、銷售增長率等基本指標能夠反映出企業的績效內容。而政府部門的一些目標，涉及公平、責任、素質等就難以簡單進行定量分析。即使按照部門分類，一些部門可以形成定量指標，如交通部門的重大交通事故逃逸率、公安部門的破案率等，但相當多的部門，特別是決策部門、協調部門、咨詢部門等非執行性部門，很難用得上定量指標，缺乏可操作性、可分辨性的評估指標。

第二，產品形態的異同。企業生產的產品在形態上有兩個特征：其一是可見性，大部分的企業產品是看得見摸得著的實體。其二是終端性，企業產品哪怕是一個配件，也具有獨立價值。企業產品在形態上的可見性和終端性，為企業績效評估提供了直接和直觀的基礎，提供了進行比較的平臺。政府部門提供的產品主要是服務性質的，相當部分的產品是無形的。而且，單個部門提供的產品在整個公共服務過程中，往往只是一種中間狀態，不大具有可比性，很難說精心策劃來開一場行政會議，深入基層做一個調查研究，能在績效上有什么直接體現。經常用來作為評估的指標，諸如公路建設的挖土方量，治安管理的破案率等，實際上只是公路質量、社會秩序管理目標的中間產品，后者的評估往往具有困難得多。

第三，標準維度的異同。與管理目標一樣，企業生產的產品通常采用單維的技術標準，盡管市場評估主體形形色色，但客觀的技術標準容易形成共識。政府部門的產品就不單是一個技術問題，因為不同的產品有不同的標準，即使同一個產品也會涉及政治、文化和社會等諸多因素。來自不同領域的評估主體，有不同的評估視角，有特定的主觀感受，這些都是評估困難的原因所在。“地方政府內的個人和組織均利用績效測評監控和評價績效，地方政府外部也是如此。他們對于績效的定義，所關注的績效的特征和標準是完全不同的，有時甚至相反。一旦沒有融合不同觀點的機制，就會產生延長爭論卻無實效的形式，這是常有的事情。”

第四，價格機制的異同。市場價格反映了市場的供求關系，企業根據市場信號，調整生產結構，改進生產程序，提高生產質量。實際上，市場價格就是企業績效的評估機制，凡是在市場上賣出好價錢的，企業就是有績效的，已通過稅的形式預先性社會作強制性扣除。政府部門的服務產品，相當一部分部門沒有價格顯示機制，即使一些收費性的項目，通常也是在沒有精確計算成本的情況下運作的，一些收費項目，因其亂收費的動機，反而扭曲了價格。從總體來看，公共服務缺乏市場交易機制，公共產品缺乏價格檢驗機制，消費者對于公共服務的偏好、估價缺乏信息反饋機制。“在生產者和消費者之間不存在日常交易，因而也無法給生產者在生產力或者對該產品的需求方面提供確定的反饋信息，公務員和公民—消費者之間的任何交易都是不存在記錄的，或者不存在連續的方式來解釋這些交易的意義。”公共服務特殊的交易機制，使得公共部門的工作狀況、工作質量難以評估。