1 兩種管理模式所關注的重點是不同的，一種是目標，以企業戰略總目標，顧客需求，市場占有率為導向，將企業的行為視為一個總流程下的流程集合，對這個集合進行管理和控制，強調全過程的協調、目標化。職能管理的重要特點是重視職能管理和控制，關注部門的職能完成程度和垂直性的管理控制，部門之間的職能行為往往缺少完整有機的聯系。

2 職能管理一般缺少時間標準這一最重要的工作標準一般是由該部門的主管領導臨時確定的，這就大幅加重了主管領導的工作量且標準不確定，導致整體工作效率大幅降低，而流程管理則相反，每一件工作都是流程的一部分，是一個流程的節點，它的完成必須滿足整個流程的時間要求，時間是整個流程中最重要的標準之一。

3 職能管理模式下的管理變革可能出于各種原因，在實際操作時也只能是部門的重新劃分，職能的重新調整，人員的簡單增減等。而以流程為對象的管理模式的任何一次改變都是業務流程的再造，這種再造所關注的前提是效率的提高和結果的再造，這樣企業可以根據市場變化容易地進行業務流程再造。

4 職能管理樟式中部門職能是相對獨立的(只有與生產線直接相關例外)，他們之間的工作銜接一般要通過上一層級來安排、協調，而在流程管理模式下，所有的部門或崗位(包括傳統上所謂獨立的職能部門)，都是流程的一部分，他需要完成的工作是流程中的一個階段，他是流程中上一環節的顧客和裁判者，同時又是下一個階段的供貨商，這樣部門之間的絕大多數工作銜接將按照確定的流程及標準進行，不需要一個專門的控制、協調的上一層級。

5 在職能管理中企業高層領導絕大部分時間用于向大家灌輸企業的目標，協調不同部門的行動以達到同步，而在流程管理這種協調將很少，每一個事件都是一個子流程，這些子流程都是有目標的，這些子流程匯集成一個流程集合，形成的企業的總流程，子流程的目標集合就成為企業的總目標，在這種模式下，高層領導關注更多的是顧客的需求，市場占有率等綜合指標。

綜合二者之間的區別我們可以總結出:職能化管理模式形成的管理體系是一套金字塔型的層級命令控制體系，而流程化管理模式形成的是一套以流程目標為導向的扁平化的網絡狀組織機構體系，這種網絡狀組織機構體系與現代的互連網在結構上有異曲同工之處。