京瓷與通常的日本公司組織結構類似，有事業本部、事業部、以及下面的課、系、班的層級外。與其他口本公司不同的是，整個京瓷公司又被分為多個“阿米巴小組”，同時，內部還有以“阿米巴小組”為單位的獨立核算體制。在京瓷公司，“阿米巴小組”指的是公司內部的最小基層組織，也就是最小的經營單位，比如說一個產品部門、一條生產線、一個制造班組甚至到每個獨立工作的員工。京瓷公司內部的每個阿米巴小組都是一個獨立核算的利潤中心，就如同一個中小企業運作，雖然每個阿米巴的建立需要經過上級的同意，但是每個阿米巴小組的經營計劃、業績管理等經營上的事情都由小組成員自行運作。每個阿米巴小組都是集中經營管理、生產制造、財務管理十一體。如某陶瓷產品有混和、成型、燒結、精加工四道工序，就將這四道工序分成四個“阿米巴”，每個“阿米巴”都像一個小企業，都有經營者，都有銷售額、成本和利潤。“阿米巴經營”不僅考核每個“阿米巴”的領導人，而且考核到每個“阿米巴”人員每小時產生的附加價值。這樣就可以真正落實“全員經營”的方針，就是發揮企業每一位員工的積極性和潛在的創造力，把企業經營得有聲有色。另外，“阿米巴”可以隨環境變化而“變形”，即具有適應環境的靈活性。

      “單位時間核算制度”是阿米巴體系的一個重要指標。“單位時間核算制度”作為衡量每個阿米巴經營狀況最主要的指標列入了阿米巴經營體系之內。“單位時間核算制度”是指能體現單位時間內每個阿米巴所能生產出多少附加價值的會計核算體系(附加值并非通常意義上所說的同樣的價格提供的服務，而是指稻盛和夫所說的“以最少的資源做出市場上價值更高的東西”)。

    全員參與型的經營體系。阿米巴通過單位時間核算制度，使得各個部門、各個小組，甚至每個人的經營業績變得清晰。阿米巴經營是一種全員參與型的經營體系。